Jaume Masiá foi o mais rápido do terceiro treino do GP do Japão de Moto3. Foi nesta sessão que praticamente todos os pilotos fizeram os seus melhores tempos até ao momento em Motegi.
Logo com a sua primeira volta lançada, Masiá (Leopard Racing/Honda) assumiu a liderança, melhorando mais duas vezes nos dez minutos inaugurais para liderar durante praticamente todo o resto da sessão.
Ainda foi superado por Daniel Holgado (Red Bull KTM Tech3), mas em cima do fim Masiá destronou o rival por 0,484s ao rodar em 1m56,148s. Deniz Öncü (Red Bull KTM Ajo) foi terceiro a 0,512s, seguindo-se Diogo Moreira (MT Helmets-MSi/KTM) e Ryusei Yamanaka (GaviotaGasGas Aspar).
Em 14.º lugar da tabela combinada dos três treinos, Collin Veijer (Liqui Moly Husqvarna Intact GP) garantiu a última vaga direta na segunda fase da qualificação. Joel Kelso (CFMoto Racing PrüstelGP) falhou esse objetivo por apenas dois milésimos, com o 15.º tempo.
Tempos P3:
Tabela de tempos combinada P1 + P2 + P3:
